Сорок участников были разбиты на пять корзин, согласно коэффициентам их выступлений в еврокубках за последние пять лет. Две российские команды — "Локомотив" и "Зенит" — попали во вторую корзину, а московский "Спартак" — в третью. Согласно регламенту турнира, представители одной страны не могли встретиться между собой на групповом этапе.

Жеребьёвка принесла следующие результаты:

Группа A: АЗ (Голландия), "Зенит" (Россия), "Эвертон" (Англия), "Нюрнберг" (Германия), "Лариса" (Греция)

Группа B: "Панатинаикос" (Греция), "Локомотив" (Россия), "Атлетико" (Испания), "Копенгаген" (Дания), "Абердин" (Шотландия)

Группа C: "Вильярреал" (Испания), АЕК (Греция), "Фиорентина" (Италия), "Млада" (Чехия), "Эльфсборг" (Швеция)

Группа D: "Базель" (Швейцария), "Гамбург" (Германия), "Ренн" (Франция), "Загреб" (Хорватия), "Бранн" (Норвегия)

Группа E: "Байер" (Германия), "Спарта" (Чехия), "Спартак" (Россия), "Тулуза" (Франция), "Цюрих" (Швейцария)

Группа F: "Бавария" (Германия), "Болтон" (Англия), "Брага" (Португалия), "Црвена Звезда" (Сербия)

Группа G: "Андерлехт" (Бельгия), "Тоттенхэм" (Англия), "Хетафе" (Испания), "Хапоэль" (Израиль), "Ольборг"

Группа H: "Бордо" (Франция), "Аустрия" (Австрия), "Галатарасай" (Турция), "Хельсингборг" (Швеция)